上海交通大学云南(大理)研究院是大理州人民政府和上海交通大学于2014年合作共建的州人民政府直属差额拨款事业单位。前身是上海交通大学牵头实施国家“十一五”、“十二五”水专项洱海项目团队。2016年,经省科技厅认可升级为省级科研机构,是上海交通大学在云南全部科研教育机构的唯一总体管理单位。2020年7月,大理州人民政府、云南省科技厅、上海交通大学签署三方共建上海交通大学云南(大理)研究院合作协议,开启了研究院及洱海湖泊生态系统国家野外科学观测研究站建设的新阶段。
研究院现有长期在云南、大理工作的专兼职行政和专业技术人员63人。建院至今,依托上海交通大学科研实力,紧扣地方需求,研究院以洱海保护为核心,面向高原湖泊生态保护治理,兼顾大健康、高原特色农业、网络信息安全等领域的研究合作和服务进行了深入探索与实践,将国家任务、地方发展、区域创新平台和学科发展有机结合,有力地推动了政产学研融合,实现了校地共赢。